La principale différence entre le Yamaha TTR et le TTR-LN réside dans la cylindrée du moteur. La Yamaha TTR est équipée d'un moteur de 125 cm3 et est livrée avec une transmission manuelle à 4 vitesses ou un embrayage automatique. Pendant ce temps, la Yamaha TTR-LN dispose d'un moteur de 125 cm3 avec une transmission manuelle à 6 vitesses ou un embrayage automatique.
Les modèles TTR-LN sont également équipés de roues plus grandes, d'une suspension à débattement plus long et d'autres caractéristiques qui les rendent mieux adaptés à la conduite hors route.