Les moteurs CB900 et CB1000 ne sont pas interchangeables. Bien que les deux moteurs soient construits par Honda, ils diffèrent considérablement en termes de conception et de performances. Le moteur CB900 est un moteur quatre cylindres en ligne refroidi par air de 900 cm3, tandis que le moteur CB1000 est un moteur quatre cylindres en ligne refroidi par liquide de 1 000 cm3. De plus, le moteur CB1000 intègre plusieurs technologies avancées, telles que l'injection de carburant et l'allumage électronique, qui ne sont pas présentes sur le moteur CB900.
Les dimensions et les points de montage des moteurs CB900 et CB1000 sont également différents, ce qui rend difficile l'installation d'un moteur CB900 dans une moto CB1000.